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真菌基因组分析
1、GGX 413的全基因组分析揭示了其致病基因、生物活性分子和代谢产物,为理解其在人类中的潜在致病机制提供了新的视角。这项研究由上海派森诺生物科技股份有限公司支持,采用二代和三代测序技术,对菌株的全基因组进行深入研究。
2、案例分享 案例一:上海农业科学院利用Illumina NovaSeq和PacBio平台,对野生猪肚菇菌株驯化而来的一个品种进行了真菌基因组De novo测序+比较基因组学分析,旨在研究其基因组特征。研究发现,该品种具有较强的木质纤维素降解能力,对猪肚菇的栽培、营养和药用价值的基础研究具有重要意义。
3、转录为MRNA再逆转录成DNA单链,与亲代DNA碱基互补配对,多余部分为内含子,能配对成功为外显子。这是理论。
4、所以真菌的基因组可大可小,范围是相当大的。目前已经测序完毕的酵母中编码RNA或蛋白质的大约2600个基因。通过对酿酒酵母的完整基因组测序,发现在12068kb的全基因组序列中有5885个编码专一性蛋白质的开放阅读框。
5、**异形根孢囊霉(Rhizophagus irregularis DAOM197198)**:此物种在AMF研究中出镜率高,基因组网站资源丰富。其基因组数据可从多个来源获取,包括NCBI等。 **明根孢囊霉(Rhizophagus clarus HR1)**:此模式菌种在日本菌根研究中常用,已实现高效非共生产孢。
6、同时,通过全基因组大样本重测序对真菌重要菌株进行全基因组的基因型鉴定,并与关注的表型数据进行全基因组关联分析(GWAS),找出与关注表型相关的SNP位点,定位性状相关基因。